全基因組選擇育種（genomic selection，GS）的思想是Meuwissen等學(xué)者于2001年最早提出來的，具體是指利用高通量測序技術(shù)對群體進(jìn)行研究，定位到控制某個目標(biāo)性狀的基因，然后通過序列輔助篩選或者轉(zhuǎn)基因的方法來選育新的品種。全基因組選擇育種可以獲得高準(zhǔn)確度的育種值，它主要利用的是連鎖不平衡信息，以保證利用標(biāo)記估計的染色體片段效應(yīng)在不同世代中都相同。目前，正在繪制雞、牛、豬、羊等家畜基因組序列圖譜及SNP圖譜，基因組研究提供了大量的標(biāo)記，確保了有足夠高的標(biāo)記密度，而且由于大規(guī)模高通量的SNP（single nucleotide polymorphism，單核苷酸多態(tài)性）檢測技術(shù)也相繼建立和完善，使得全基因組選擇方法的應(yīng)用成為可能，并且將成為一項新的育種技術(shù)。
與分子標(biāo)記輔助選擇育種（molecular marker assistant selectionbreeding，MAS）相比，GS技術(shù)存在很多優(yōu)勢，首先，它能準(zhǔn)確估計所有的遺傳和變異效應(yīng)，而MAS只能對部分遺傳變異進(jìn)行檢測，并且容易高估其遺傳效應(yīng)。其次，GS顯著縮短了物種的世代間隔，大幅度提高了畜禽選育的遺傳進(jìn)度，生產(chǎn)成本大大降低。最后，GS有效克服了一些MAS難以測定性狀的困難，擴(kuò)大了育種范圍，可靠性大大提高。
盡管GS能顯著提高畜禽選育的遺傳進(jìn)度，但仍受到許多因素的影響，如標(biāo)記類型和結(jié)構(gòu)、標(biāo)記密度和標(biāo)記間的連鎖不平衡程度、表型世代數(shù)、性狀的遺傳特性、世代間隔距離等，因此，在育種過程中，科學(xué)家必須通過大量標(biāo)記和篩選，確定最優(yōu)遺傳性狀后才能進(jìn)行試驗，以保證選育的最優(yōu)性和高效性。
由于GS技術(shù)具有降低生產(chǎn)成本并可縮短世代間隔等優(yōu)勢，近幾年來，其已成為遺傳育種領(lǐng)域的研究熱點，尤其在畜禽育種中大量應(yīng)用。例如，通過該技術(shù)已選育出產(chǎn)奶量高、品種優(yōu)良的奶牛，以及繁殖力、飼料利用率、肉質(zhì)等性狀顯著提升的肉雞、豬等。
