棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、紅腐病、猝倒病、黑斑病、莖枯病、早期枯萎病等，再加上由于播種過早、低溫多雨、農(nóng)田作業(yè)差等原因，容易導致苗期病害發(fā)生嚴重，造成缺苗斷壟、生長緩慢、推遲生育進程，影響產(chǎn)量，為此，應抓好綜合防治措施。
一、選用抗病品種。選用抗病品種是防止病害的根本措施，品種選擇很重要，要選擇經(jīng)過試驗表明抗病力強的品種。
二、 改良土壤，培肥地力。通過增施農(nóng)家肥料、大力推廣秸稈還田、精耕細作等農(nóng)業(yè)措施，培肥地力，改良土壤，增加土壤通透力，可以有效控制苗期病害的發(fā)生。
三、適期晚播。如今年氣溫偏低時間長，播種期應比常年推遲5—10天。適期晚播不僅可防治苗期病害，同時可預防棉花早衰和爛鈴。
四、增溫保墑。加強以中耕松土為重點的棉花出苗前后的田間管理，如雨后鋤劃、地膜棉及時放苗壓土、堵漏洞防風掀膜。病害嚴重地塊采用早間苗晚定苗，以確保苗全苗壯。
五、交替使用除草劑。連續(xù)使用氟樂靈除草的棉田應更換其它除草劑，以防止發(fā)生藥害，加重苗病的發(fā)生。棉田除草劑的有效成分用量應控制在：氟樂靈每畝60～72毫升，地膜棉每畝50毫升，播前使用并混土；乙草胺每畝控制在45～55毫升，播后苗前使用，地膜棉易發(fā)生藥害，不提倡使用；二甲戊靈每畝66～100毫升，對棉苗比較安全，播前或播后苗前使用，因其對雙子葉雜草殺傷力較差，宜與其它除草劑混用；杜爾每畝72毫升，播后苗前使用，土壤干旱時需淺混土。以上農(nóng)藥對水量應掌握在每畝50公斤左右。
六、藥劑防治。棉花苗期病害死苗有兩個高峰期。一是出苗后半月左右，棉苗長出1片真葉時；二是棉苗三葉期，主要病害為早期枯萎病，一般發(fā)生在出苗后25—30天為嚴重發(fā)病期。因此，在加強田間管理的同時，應在發(fā)病前進行迎頭防治。其有效防治藥劑有：85%三氯異氰尿酸可濕性粉劑，苗期對水噴灑，畝用量35克；金阿普隆、適樂時種衣劑1000倍液，發(fā)病初期噴霧；多菌靈、代森錳鋅、甲基托布津等500～800倍液，發(fā)病初期噴灑；新克黃枯、黃腐酸鹽類，在早期枯萎病發(fā)病初期噴灑，效果較好。
