水稻泛NLRs家族基因的共線性位點（左）；基于全基因組SNPs的水稻系統(tǒng)發(fā)生樹（右）。中國農(nóng)科院供圖
近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所與國內(nèi)多家高校、科研單位合作，組裝了251份高質(zhì)量的水稻基因組，構(gòu)建了目前植物中群體規(guī)模最大、基因組充分注釋、稻屬中最為系統(tǒng)的超級泛基因組。該圖譜的完成將極大地促進水稻功能基因挖掘和水稻種質(zhì)資源利用。相關(guān)成果發(fā)表于《細胞研究》（Cell Research）。
該研究通過地理分布來源、基因型和表型變異，精心選擇了具有高度代表性的202份亞洲栽培稻核心種質(zhì)材料、28份普通野生稻、11份非洲栽培稻和10份短舌野生稻進行測序組裝。為準確比較等位基因在不同水稻材料中的遺傳變異，研究人員還利用高質(zhì)量的群體基因組構(gòu)建了基于基因組序列比對的泛基因組圖譜，并對每個變異位點進行基因注釋和序列整合。該圖譜囊括了目前最全面的水稻基因序列的復(fù)等位信息，為水稻比較基因組學(xué)和進化基因組學(xué)研究提供了重要基礎(chǔ)。
為高效方便利用這些海量的基因組數(shù)據(jù)，研究人員還構(gòu)建了數(shù)據(jù)庫RiceSuperPIRdb（http://www.ricesuperpir.com/）。通過數(shù)據(jù)檢索，可以高效地獲得特定水稻品種基因組序列及基因組注釋，還可以選擇任意樣本基因組為參考基因組，查看與所有材料的全基因組比對結(jié)果和基因組變異。該數(shù)據(jù)庫對水稻基因功能研究和種質(zhì)資源利用具有重要的科學(xué)意義和實用價值。
該研究獲得國家自然科學(xué)基金、國家重點研發(fā)計劃等項目的資助。
相關(guān)論文信息：https://www.nature.com/articles/s41422-022-00685-z
