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      前沿|數(shù)字化技術(shù)在玉米育種工作中的應(yīng)用研究

      放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2018-10-15  來源:智種網(wǎng)NOVOSEED  作者:薛建斌等  瀏覽次數(shù):486
       

            編輯 | 新銳恒豐研究院
       
            作者 |薛建斌等
            
            在玉米育種工作中,每年我們都要面對數(shù)千份自交系、雜交組合、品比試驗(yàn)材料,大量的田間調(diào)查記載、資料的歸類、整理,以及其遺傳特性的分析,是一項(xiàng)繁瑣的工作。為了能夠利用計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)管理系統(tǒng),對所有的育種材料進(jìn)行自動化管理,筆者曾研究總結(jié)出數(shù)字化育種新方法,并在番茄育種中得以應(yīng)用?,F(xiàn)把該方法引入玉米育種工作中,力圖使玉米育種田間調(diào)查記載簡便化,資料歸納整理自動化,遺傳分析直觀化,選配組合準(zhǔn)確化,克服育種的盲目性,改變大量的田間盲目育種,為有目的的室內(nèi)推演育種,田間種植只是對推演結(jié)果的驗(yàn)證。這樣就大大地提高了育種工作的效率,節(jié)約育種成本。
            
            玉米遺傳性狀的數(shù)字化
            
            玉米遺傳性狀,大部分是用文字來描述的,文字描述通常又比較模糊,田間調(diào)查記載比較麻煩,歸納整理資料比較費(fèi)勁,若想利用計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)對資料進(jìn)行自動化處理,就必須把文字描述的性狀轉(zhuǎn)化成具體的數(shù)字,就需要對不同的性狀進(jìn)行統(tǒng)一的編碼,實(shí)現(xiàn)從文字描述到數(shù)字表述的轉(zhuǎn)化。在番茄上,由于顯隱性明顯,質(zhì)量遺傳多,數(shù)量遺傳少,所以筆者提出了“用不同的數(shù)位來代表不同的性狀,用該數(shù)位上的具體數(shù)字代表該性狀具體的量”之概念。然而在玉米育種工作中,由于其數(shù)量遺傳比較多,許多性狀都需要用2~3位數(shù)來表示,所以用單個(gè)數(shù)位就難以表達(dá)。因此,筆者又提出“用不同的數(shù)列(計(jì)算機(jī)電子表格中的列)來代表不同的性狀,該表格中的具體數(shù)字來表示該性狀具體的量。”然后,制定一個(gè)統(tǒng)一編碼規(guī)則,對所有的性狀進(jìn)行統(tǒng)一的編碼,從而實(shí)現(xiàn)所有的性狀表述數(shù)字化。
            
            玉米材料遺傳性狀的編碼規(guī)則

            材料的序號用電子表格中的第 1 列來表示。

            材料的名稱用電子表格中的第 2 列來表示。-

            材料的來源用電子表格中的第 3 列來表示。

            苗勢的強(qiáng)弱,用電子表格中的第 4 列來表示。苗勢分為極弱、弱、中等、較強(qiáng)、特強(qiáng)五個(gè)等級,分別用 1、23、45 來代表。

            氣生根的發(fā)達(dá)程度,用電子表格中的第 5 列來表示,根據(jù)氣生根的層數(shù)、條數(shù)、根的粗細(xì)來判定其強(qiáng)弱,由弱到強(qiáng)分為五個(gè)等級,分別用 1、23、45 來代表。

            株高,用電子表格中的第 6 列來表示。用實(shí)際測量的平均株高厘米數(shù)來代表。

            莖粗,用電子表格中的第 7 列來表示。用實(shí)際測量基部第二莖節(jié)中部直經(jīng)的平均厘米數(shù)來代表。

            莖桿的堅(jiān)韌度與抗風(fēng)能力密切相關(guān),用電子表格中的第 8 列來表示。堅(jiān)韌度可分為軟、中等、堅(jiān)硬三個(gè)等級,分別用 1、2、3 來代表。

            株型,用電子表格中的第 9 列來表示。根據(jù)穗上部第三片葉與莖桿之間的夾角大小,分為特緊湊型(夾角<15º)、緊湊型(15º<夾角<30º)、半緊湊型(30º<夾角<45º)、較平展型(45º<夾角<60º)、平展型(60º<夾角<75º)、特平展型(夾角>75º〉六個(gè)類型,分別用 1、2、34、5、6 來代表。

            葉長,用電子表格中的第 10 列來表示。測量對象為穗上部第三片葉,用其平均長度厘米數(shù)來代表。

            葉寬,用電子表格中的第 11 列來表示。測量對象為穗上部第三片葉中部,用其平均寬度厘米數(shù)來代表。

            葉色,用電子表格中的第 12 列來表示。葉色分為淡綠、正綠、濃綠三個(gè)級別,分別用 12、3 來代表。

            雄花的分枝數(shù),用電子表格中的第 13 列來表示。用實(shí)際調(diào)查的平均分枝數(shù)來代表。

            雄花的分枝形狀,用電子表格中的第14列來表示。分枝形狀分為上沖、半上沖、平展三個(gè)類型,分別用12、3來代表。

            雄花花粉量的大小,用電子表格中的第 15 列來表示。花粉量分為小、中、大三個(gè)等級,分別用 1、2、3 來代表。

            花粉穎殼的顏色,用電子表格中的第 16 列來表示?;ǚ鄯f殼的顏色,常見的有淡綠色、黃色、淡紫色、深紫色,分別用 12、3、4 來代表。

            穗位高度,用電子表格中的第 17 列來表示。用實(shí)際測量的穗位平均高度的厘米數(shù)來代表。

            雌穗花絲顏色,用電子表格中的第 18 列來表示。常見的花絲有淡綠色、淡黃色、淡粉色、紫色四種,分別用 1、2、3、4 來代表。

            雌穗有無箭葉,用電子表格中的第 19 列來表示。雌穗有箭葉,用1來代表,雌穗無箭葉,用 0 來代表。

            雌穗的露尖程度,用電子表格中的第20列來表示。露尖程度分為無、輕(露尖<1cm)、中等(1cm<露尖<2cm)、重(露尖>2cm)四個(gè)等級,分別用 01、2、3 來代表。

            夏播生育期,用電子表格中的第 21 列來表示。用從夏播播種到成熟的實(shí)際生長天數(shù)來代表。

            春播生育期,用電子表格中的第 22 列來表示。用從春播播種到成熟的實(shí)際生長天數(shù)來代表。

            穗長,用電子表格中的第 23 列來表示。用 10 穗平均穗長的厘米數(shù)來代表。

            穗粗,用電子表格中的第 24 列來表示。用 10 穗平均穗粗的厘米數(shù)來代表。

            穗型,用電子表格中的第 25 列來表示。穗型有錐型和筒型,分別用 1 2 來代表。

            穗行數(shù),用電子表格中的第 26 列來表示。用 10 穗平均穗行數(shù)來代表。

            行粒數(shù),用電子表格中的第 27 列來表示。用 10 穗平均行粒數(shù)來代表。

            穗粒數(shù),用電子表格中的第 28 列來表示。用 10 穗平均穗粒數(shù)來代表。

            穗軸顏色,用電子表格中的第 29 列來表示。常見的穗軸顏色有白色、粉色和紅色,分別用 1、2、3 來代表。

            穗軸的粗細(xì),用電子表格中的第 30 列來表示。用實(shí)際測量 10 個(gè)穗軸的直徑平均厘米數(shù)來代表。

            出籽率,用電子表格中的第 31 列來表示。用實(shí)際測量 10 穗平均出籽率(去掉%)來代表。

            子粒的類型,用電子表格中的第 32 列來表示。子粒的類型分為硬粒型、半馬齒型、馬齒型、粉質(zhì)型、臘質(zhì)型(又稱糯玉米、粘玉米)、甜質(zhì)型、爆裂型、有稃型、牧草型九個(gè)類型,分別用 1、2、34、5、6、7、8、9 來代表。

            子粒的顏色,用電子表格中的第 33 列來表示。常見的顏色有白色、黃色、黃白色、紅色、紫色、黑色、五彩色七種顏色,分別用 1、2、3、45、67 來代表。

            子粒的大小,用電子表格中的第 34 列來表示。用目測,分為極小、小、中等、大、特大五級別,分別用 1、2、3、45 來代表。

            千粒重,用電子表格中的第 35 列來表示。用實(shí)測 1000 粒的重量克數(shù)來代表。

            單穗產(chǎn)量,用電子表格中的第 36 列來表示。用實(shí)測 10 穗的平均產(chǎn)量克數(shù)來代表。

            畝產(chǎn)量,用電子表格中的第 37 列來表示。用折算的理論公頃產(chǎn)千克數(shù)來代表。  

            對大斑病的抗性,對小斑病的抗性,對絲黑穗病的抗性,對黑粉病的抗性,對粗縮病的抗性,對青枯病的抗性,對穗腐病的抗性,對園斑病的抗性,對灰斑病的抗性,對彎孢菌葉斑病的抗性,對銹病的抗性,對矮花葉病毒病的抗性,對莖腐病的抗性,分別用電子表格的第 38、3940、41、42、43、44、45、4647、48、49、50 列來代表??共⌒苑指呖梗?/span>HR)、抗(R)、中抗(MR)、感?。?/span>S)、高感(HS)五個(gè)級別,分別用 1、2、34、5 來表示。

            數(shù)據(jù)庫的建立
            
            根據(jù)上述編碼規(guī)則,將田間調(diào)查的數(shù)據(jù)結(jié)果,輸入計(jì)算機(jī)相應(yīng)的電子表格中,可以將自交系、雜交組合、品比試驗(yàn)等分門別類,形成一個(gè)完整的、系統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫。
            
            數(shù)據(jù)歸納、整理的自動化動排序
            
            數(shù)據(jù)庫建立后,根據(jù)研究目的要求,將某一性狀進(jìn)行數(shù)據(jù)歸納、整理。比如,把所有的材料按照株高來歸類,根據(jù)編碼規(guī)則,數(shù)據(jù)庫電子表格中的第六列表示株高,所以,選定該列所有數(shù)據(jù),點(diǎn)擊表格菜單,在出現(xiàn)的下拉菜單中,選擇排序菜單,在出現(xiàn)的對話框中,選擇由小到大排列,系統(tǒng)就會把所有材料的株高按由小到大自動排列好。同樣,如果需要按照產(chǎn)量來排隊(duì),就選定該目標(biāo)性狀所對應(yīng)的第 37 列所有數(shù)據(jù),然后進(jìn)行由大到小自動排序。只要把數(shù)據(jù)庫建立起來,材料的歸類、整理就可以實(shí)現(xiàn)自動化。
            
            分析遺傳規(guī)律既簡便又直觀
            
             將母本、父本及雜交種的數(shù)據(jù)編碼放在一起比較,就可以非常直觀地看出其遺傳規(guī)律。例如:
            
            從上面的數(shù)據(jù)表中可以直觀地看出,株高是 F1 代高于雙親,屬于超親遺傳;抗倒伏強(qiáng)的材料與中等和不抗倒材料雜交,其后代表現(xiàn)為抗倒強(qiáng)和中抗;從株型來看,緊湊型和平展型材料雜交,其后代表現(xiàn)為半緊湊型;從生育期來看,早熟材料和晚熟材料雜交,其后代表現(xiàn)為中熟偏早,屬于基因互作;從穗長和行粒數(shù)來看,其后代超過雙親,具有加性效應(yīng);從穗行數(shù)來看,其后代介于雙親之間或偏向數(shù)字高的親本,同一材料的后代表現(xiàn)也不完全一致,說明除基因互作之外,還受環(huán)境效應(yīng)的影響;從軸色來看,紅軸和粉軸雜交,其后代表現(xiàn)為紅軸;從粒型上來看,半硬粒和馬齒型雜交,其后代表現(xiàn)為半馬齒;從抗病性來看,大都是顯性遺傳……

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      (由于數(shù)據(jù)過多,頁面放不下,故摘錄部分?jǐn)?shù)據(jù)供參考)
            
            我們把選出的優(yōu)良組合及親本放在一起進(jìn)行比較,就可以提高對自交系材料的認(rèn)知程度,便于掌握和使用這些材料,對總結(jié)育種經(jīng)驗(yàn)非常有利。
            
            選配組合準(zhǔn)確化,克服育種的盲目性
            
            目前玉米生產(chǎn)上全部是種植雜交種。雜交種的優(yōu)勢,就是能夠綜合雙親的優(yōu)點(diǎn),在生產(chǎn)上表現(xiàn)出更好的抗性,獲取更高的產(chǎn)量,所以,玉米育種也就以選配優(yōu)良雜交組合為主。由于親本材料資源的局限,目前所育成的品種還不能十全十美,還有這樣或那樣的不足和缺點(diǎn),育種的過程,也就是對現(xiàn)有的所謂優(yōu)良品種不斷進(jìn)行改良的過程,以便使雜交種能夠綜合更多的優(yōu)良性狀。
            
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            選配組合的原則,就是根據(jù)玉米材料的遺傳規(guī)律和優(yōu)良基因互補(bǔ)的原理進(jìn)行選配組合。在常規(guī)的育種方法中,大部分遺傳性狀都是用文字描述的,田間記載本一大堆,要從中找出符合要求的材料,費(fèi)時(shí)費(fèi)力,所以,往往只注重個(gè)別主要性狀的互補(bǔ),而忽視了所有相關(guān)性狀的選擇,這樣就容易造成雜交后代中一些差的性狀表現(xiàn)出來,組配的盲目性就比較大。而采用數(shù)字化育種新方法后,則選配組合就像做加減法一樣簡單,準(zhǔn)確又快捷。
            
            確定育種目標(biāo)
            
            根據(jù)生產(chǎn)上對品種的要求,確定我們的育種目標(biāo)。制定育種目標(biāo)時(shí),應(yīng)該考慮玉米的用途、種植模式、生長期、自然條件、發(fā)病情況、產(chǎn)量水平等因素,確定目標(biāo)品種應(yīng)該具備的優(yōu)良性狀,并列出其對應(yīng)的編碼數(shù)據(jù)。
            
            選定母本
            
            應(yīng)選擇大部分主要性狀與目標(biāo)品種相同或相近的材料作母本,列出其應(yīng)具備的若干個(gè)性狀編碼,也就是說必須符合以上若干個(gè)條件才能作母本。
            
            選定父本
            
            由目標(biāo)品種的編碼數(shù)據(jù)和母本的編碼數(shù)據(jù),根據(jù)玉米的遺傳規(guī)律以及基因互補(bǔ)的原理,推算出父本應(yīng)具備的若干個(gè)條件,例如:
            
            材料的自動查找
            
            列出所有條件以后,然后開始查找。條件 1 對應(yīng)的是電子表格中的第 32 列,選中該列所有數(shù)據(jù),然后由小到大排序,這樣就把硬粒型的材料排在一起,其他的材料排除在外。在符合條件 1 的所有材料中,用同樣的辦法,再選擇符合條件 2 的材料,依次類推,最后選出符合所有條件的材料。
            
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            確定組合
            
            用選定若干個(gè)適合作母本的材料作母本,用能夠彌補(bǔ)母本缺點(diǎn)的材料作父本,配制雜交組合。這樣就可以把不符要求的大量的材料及組合排除在外,克服了育種的盲目性,提高了組配的準(zhǔn)確性
            
            田間驗(yàn)證
            
            把確定的組合,冬天在海南進(jìn)行配制,然后在田間種植進(jìn)行驗(yàn)證。經(jīng)過 2006年我們對 2700 個(gè)組合的表現(xiàn)統(tǒng)計(jì),綜合性狀明顯不如對照的約占 30%,與對照相同或相近的占 58%,顯著超過對照的占 12%。
            
            近年來,通過實(shí)踐證明,應(yīng)用數(shù)字化育種新方法,能夠大大地提高育種效率,節(jié)約育種成本。
       
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